Хуан Альдерете начал учиться играть на бас-гитаре в 16 лет. Его отец любил джаз, сам он интересовался прогрессивным роком - творчеством таких коллективов, как Yes, Rush, King Crimson.
Учился в голливудском Музыкальном Институте.
Играл в метал-группе Racer X, хард-рок группе The Scream, рок-группе The Mars Volta, экспериментальном рок-коллективе Omar Rodriguez Lopez Group и во многих других.
С ноября 2017 года является басистом группы Marilyn Manson.